NTFS
它的優點是安全性和穩定性極其出色，在使用中不易產生文件碎片。它能對用戶的操作進行記錄，通過對用戶權限進行非常嚴格的限制，使每個用戶只能按照系統賦予的權限進行操作，充分保護了系統與數據的安全。這種格式採用NT核心的純32位元Windows系統才能識別，古老的DOS以及16位元32位元混編的Win95&98系統是不能識別的。
NTFS是一個可恢復的文件系統。在NTFS分區上用戶很少需要運行磁碟修復程序。NTFS通過使用標准的事務處理日志和恢復技術來保證分區的一致性。NTFS支援對分區、文件夾和文件的壓縮。NTFS採用了更小的簇，可以更有效率地管理磁碟空間。
FAT16 這是MS－DOS和最早期的Win 95操作系統中最常見的磁碟分區格式。它採用16位元的文件分區表，能支援最大為2GB的分區，是目前應用最為廣泛和獲得操作系統支援最多的一種磁碟分區格式，幾乎所有的操作系統都支援這一種格式，從DOS、Win 95、Win 97到現在的Win 98、Windows NT、Win 2000，甚至火爆一時的Linux都支援這種分區格式。但是在FAT16分區格式中，它有一個最大的缺點：磁碟利用效率低。因為在DOS和Windows系統中，磁碟文件的分配是以簇為單位元的，一個簇只分配給一個文件使用，不管這個文件占用整個簇容量的多少。這樣，即使一個文件很小的話，它也要占用了一個簇，剩餘的空間便全部閒置在那裡，形成了磁碟空間的浪費。由於分區表容量的限制，FAT16支援的分區越大，磁碟上每個簇的容量也越大，造成的浪費也越大。所以為了解決這個問題，微軟公司在Win 97中推出了一種全新的磁碟分區格式FAT32。
FAT32
這種格式採用32位元的文件分區表，使其對磁碟的管理能力大大增強，突破了FAT16對每一個分區的容量只有2GB的限制。但在WIN2K&XP系統中，由於系統限制，單個分區最大容量為32GB。由於目前的硬碟生產成本下降，其容量越來越大，運用FAT32的分區格式後，我們可以將一個大硬碟定義成一個分區而不必分為幾個分區使用，大大方便了對磁碟的管理。而且，FAT32具有一個最大的優點：在一個不超過8GB的分區中，FAT32分區格式的每個簇容量都固定為4KB，與FAT16相比，可以大大地減少磁碟的浪費，提高磁碟利用率。目前，支援這一磁碟分區格式的操作系統有Win 97、Win 98和Win 2000。但是，這種分區格式也有它的缺點，首先是採用FAT32格式分區的磁碟，由於文件分區表的擴大，運行速度比採用FAT16格式分區的磁碟要慢。另外，由於DOS不支援這種分區格式，所以採用這種分區格式後，就無法再使用DOS系統,還有一點FAT及FAT32格式分區不支援4G及以上文件。
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